高雄縣市於99年底合併後，原高雄縣所屬岡山垃圾焚化廠及仁武垃圾焚化廠即歸屬高雄市政府環境保護局，並規劃分由高雄市政府環保局中區資源回收廠與南區資源回收廠監督管理營運狀況，本廠亦有派駐人員對岡山垃圾焚化廠進行營運監督管理。本廠於縣市合併後除原有服務區域外，尚須配合本局廢棄物管理科之垃圾調度清運處理，擴大處理責任區域。